南京大学中国南海研究协同创新中心执行主任朱锋25日在“2016年海峡两岸南海问题学术研讨会”上表示，台湾若在南海问题上采取亲美亲日的政策，代表蔡政府认为，台湾的区域安全定位远大于两岸的历史联系，这对大陆来说，台湾是在走向一条两岸关系的不归路。

中国人民大学国际关系学院教授王英津表示，两岸目前面临的问题是，大陆希望台湾宣示南海主权，台湾则希望参与南海多边协商。因此大陆正在思考，如何让台湾 在一个中国架构下，参与多边协商。但如果实在无法解决，大陆也在考虑以别种方式来补偿台湾，与台湾进行利益交换，共同维护南海祖权。

朱锋表示，大陆将会聚焦蔡政府接下来的南海政策，解读蔡到底是在维持现状还是进行新的法理台独标志。蔡若在南海政策上持续亲美亲日，将严重影响两岸关系。如 太平岛若开放给美国，这等同逼迫大陆要对太平岛动武；而台日关系若越紧密，就代表台湾进入区域安全架构，台湾对中华历史的切割会更加快速。

国际海洋法法庭庭长、大陆国家海洋局海洋发展战略研究所所长高之国表示，两岸在南海问题上是命运共同体，一荣俱荣、一损俱损。南海仲裁结果造成如今台湾“岛不是岛、国不是国”的尴尬处境，也让大陆现在非常担心台湾政府在南海政策上有所倒退，这将使两岸关系更加恶化。

大陆外交部边界与海洋事务代表周健表示，仲裁前，美国私下跟大陆说，太平岛仍是岛，不会有什么影响，台湾也这么认为，结果是两岸都被骗了。未来大陆将南沙美 济礁的渔港等设施搞好，将会考虑让台湾渔民补给、避风，甚至渔业加工，这样大陆就不是在南海搞军事化，而是搞商业经营，也能开放台湾来投资。